De belangrijkste inhoudsstoffen van Thuja occidentalis zijn de etherische olie, met als hoofdbestanddeel het thujon, sequiterpenen en flavonoïden. het thujon dat ook een belangrijk bestanddeel is van de etherische olie van Artemisia absinthium is een sterk toxische stof. Thuja occidentalis heeft een antivirale werking, op grond waarvan het - als nevenbestanddeel - wordt verwerkt in combinatiepreparaten die de bestrijding en preventie van infectieziekten als indicatiegebied hebben, zoals bijvoorbeeld Echinacea complex. Bij uitwendig gebruik is Thuja occidentalis effectief bij het tegengaan van wratten en condylomen.